Από το 1821, όταν και ξέσπασε η Ελληνική Επανάσταση μέχρι και την Εθνοσυνέλευση της Επιδαύρου το 1822, δεν υπήρχε ενιαία διοίκηση του αγώνα. Κάθε στρατιωτικό σώμα λοιπόν, είχε τη δική του σημαία.

Οι επαναστατικές σημαίες ήταν στα χρώματα της Φιλικής Εταιρείας (άσπρο-μαύρο-κόκκινο), και τα σύμβολά της (όπως π.χ. μια άγκυρα ή έναν φοίνικα). Άλλοι ακολουθούσαν τα μπαϊράκια των αρματολών, που είχαν πάνω τον σταυρό και κάποιον άγιο ενώ κάποιοι άλλοι, εξεγέρθηκαν υπό το λάβαρο της εκκλησίας της ενορίας τους.

Στις 13 Ιανουαρίου του 1822, η οποία εκτός από το «Προσωρινόν Πολίτευμα της Ελλάδος» και το πρώτο της σύνταγμα, ψήφισε και για τη μορφή της ελληνικής σημαίας. Τα χρώματα τα οποία καθιερώθηκαν ήταν το κυανό και το λευκό. Αφού αποφασίστηκαν τα χρώματα, ανατέθηκε στο Εκτελεστικό Σώμα να προσδιορίσει ποια θα είναι η τελική της μορφή.

Σύμφωνα με θεωρίες που έχουν κυκλοφορήσει τα χρόνια που ακολούθησαν, η Εθνοσυνέλευση απέρριψε το κόκκινο και το πράσινο, χρώματα άμεσα συνυφασμένα με την Οθωμανική Αυτοκρατορία. Η επιλογή του κυανού και του λευκού από την άλλη, συμβολίζουν το γαλάζιο χρώμα της θάλασσας του Αιγαίου και το λευκό των κυμάτων της.

Μια άλλη θεωρία, πιο γνωστή και πιο διαδεδομένη από τις προηγούμενες, αφορά τις λωρίδες, οι οποίες συμβολίζουν τις συλλαβές της φράσης «ελευθερία ή θάνατος», οι πέντε κυανές τις συλλαβές «Ε-λευ-θε-ρί-α» και οι τέσσερις λευκές «ή Θά-να-τος».

Δύο μήνες αργότερα στις 15 Μαρτίου του 1822, εκδόθηκε η τελική απόφαση του Εκτελεστικού Σώματος, την οποία και υπέγραψε ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος. Το διάταγμα όριζε:

α) των μεν κατά γην δυνάμεων η σημαία, σχήματος τετραγώνου, θα είχεν εμβαδόν κυανούν, το οποίο θα διηρείτο εις τέσσαρα ίσα τμήματα από άκρων έως άκρων του εμβαδού

β) η δε κατά θάλασσαν σημαία θα ήτο διττή, μία διά τα πολεμικά και άλλη διά τα εμπορικά πλοία. Και της μεν διά τα πολεμικά πλοία το εμβαδόν θα διηρείτο ες εννέα οριζόντια παραλληλόγραμμα, παραμειβομένων εις αυτά των χρωμάτων λευκού και κυανού’ εις την άνω δε προς τα έσω γωνίαν τούτου του εμβαδού εσχηματίζετο τετράγωνον κυανόχρουν, διηρημένον εν τω μέσω δι’ ενός σταυρού λευκοχρόου. Της δε διά τα εμπορικά πλοία διωρισμένης το εμβαδό θα ήτο κυανούν’ εις την άνω προς τα έσω γωνίαν τούτου του εμβαδού εσχηματίζετο ωσαύτως τετράγωνον λευκόχρουν και διηρημένον εν τω μέσω δι’ ενός σταυρού κυανοχρόου.

Η σημαία των δυνάμεων της ξηράς, ήταν επίσημη σημαία του ελληνικού κράτους μέχρι και το 1978. Σήμερα, η «κατά θάλασσαν σημαία» των πολεμικών πλοίων έχει επικρατήσει ως το επίσημο σύμβολο του ελληνικού έθνους.